債務保証・助成事業は、中小不動産業に対して手薄な公的金融制度を補完してその協業化を支援・助成するため、センターの発足当初より主要業務の一つとして位置づけられスタートしました。債務保証業務を実施するため、金融機関との保証業務取扱に関する約定を締結しており、昭和57年3月末時点で303行（信金・信組含む）、その後74行が追加され現在に至っております。

　センターの設立当初の債務保証対象は、共同施設設置資金、共同開発資金、共同情報処理事業資金、転貸資金でありましたが、現在は、共同開発資金、共同情報処理事業資金を廃止し、新たに協業化事業円滑化資金（証券化事業）と地域再生事業等支援制度を追加して実施しております。

　H26年11月には、資金の利用促進を図るため、保証料率の引き下げを行い、協業化事業円滑化資金（証券化事業）及び地域再生事業等支援制度については0.5％から0.2％に、共同施設資金については0.35％から0.15％としております。
　H29年には不動産特定共同事業法の改正による小規模不動産特定共同事業が創設され、中小不動産業者による協業化事業円滑化資金（証券化事業）利用促進が期待されます。